U organizacionom smislu Institut čini šest centara i dve službe:
Centar za promociju zdravlja
Centar za higijenu i humanu ekologiju
Centar za analizu, planiranje i organizaciju zdravstvene zaštite
Centar za informatiku i biostatistiku u zdravstvu
Centar za kontrolu i prevenciju bolesti
Centar za mikrobiologiju
Služba za pravne i ekonomsko-finansijske poslove
Služba za tehničke i druge slične poslove
Institut raspolaže sa 4500 m2 prostora, sa savremenom laboratorijom i drugom opremom.
Kadrovski potencijal od preko 250 zaposlenih obezbeđuje i visok kvalitet rada. O kadrovskom potencijalu Instituta govori i podatak da su neki od eksperata odnosno stručnjaka Svetske zdravstvene organizacije (SZO) bili ili su stručnjaci zaposleni u ovoj instituciji.